CHIRP（内源性）

实验原理

CHIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）是一种用于研究内源性RNA（尤其是lncRNA、circRNA）与染色质DNA及蛋白质相互作用的实验技术。

基本原理是：稳定细胞内RNA-染色质-蛋白质的天然复合物，针对目标RNA序列设计并合成多条生物素标记的反义寡核苷酸探针，与细胞裂解液中的目标RNA进行杂交。利用链霉亲和素磁珠捕获生物素探针，从而将目标RNA及其所结合的染色质DNA片段和蛋白质复合物一并富集下来。经洗涤去除未结合的组分后，分别提取富集产物中的DNA、RNA或蛋白质，通过qPCR/qRT-PCR、高通量测序（ChIRP-seq）或质谱（ChIRP-MS）进行分析。

该技术能够在接近生理条件下全基因组范围鉴定内源性RNA的染色质结合位点及相互作用蛋白，是揭示lncRNA/circRNA等非编码RNA在细胞核内调控基因转录分子机制的关键实验手段

（CHIRP实验原理图）

服务流程

客户咨询——方案/实验材料确认——探针制备/合成——蛋白裂解孵育——免疫沉淀及洗脱——WB/银染-质谱检测——项目报告

实验流程

（1）、ChRIP-RNA：探针设计与合成→细胞培养→细胞裂解→探针杂交→复合物纯化→RNA回收与纯化→NGS或qRT-PCR检测；

（2）、ChRIP-DNA：探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→DNA回收与纯化→NGS或qPCR检测；

（3）、ChRIP-Protein：探针设计与合成→细胞培养→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→蛋白分离→质谱鉴定。

服务内容及说明

适用场景

1、lncRNA/circRNA功能研究：鉴定非编码RNA在全基因组的染色质结合位点。

2、RNA-蛋白质相互作用：筛选与目标RNA结合的蛋白质，构建相互作用网络。

3、基因调控机制解析：结合RNA-seq，揭示RNA调控下游靶基因的转录机制。

4、疾病机制研究：研究疾病相关非编码RNA的分子机制，发现潜在治疗靶点。

实验周期

CHIRP实验 * 结果示例

参考文献：

1、Nuclear actin-dependent Meg3 expression suppresses metabolic genes by affecting the chromatin architecture at sites of elevated H3K27 acetylation levels

2、Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions

3、LINC02273 drives breast cancer metastasis by epigenetically increasing AGR2 transcription